France Eau Publique fonctionne grâce à deux instances décisionnelles :
– l’assemblée générale réunit annuellement tous les membres
– le comité de pilotage, constitué de 24 membres, se réunit trimestriellement et pilote le fonctionnement de FEP (définition du plan d’actions, suivi de l’activité des groupes de travail, force de propositions pour l’AG).